Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Câu chuyện kể về cuộc phiêu lưu của người Do Thái hình con thỏ, người bạn tốt nhất của cô, Airi Kirara và những người Do Thái khác trong sứ mạng của họ để khôi phục Lâu đài Jewel, đã rơi từ bầu trời xuống giữa thành phố vì thiếu nhân loại niềm tin vào ma thuật. Để khôi phục niềm tin của mọi người vào ma thuật, Jewelpets biến thành con người để nghiên cứu thêm về chúng.
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới. Trong Season 6 này từ tập 277 đến tập
Câu chuyện về tình yêu và không chiến của một vị hoàng tử đã mất tất cả mọi thứ cho một cuộc cách mạng, một cô gái trở thành biểu tượng của cuộc cách mạng và một cô gái khác trên cuộc hành trình của riêng mình.Vị hoàng tử mồ côi đó nay đã đổi tên thành Karueru và bắt đầu dấn thân vào một chuyến đi không có đường lùi để khám phá đến tận cùng trời cuối đất. Tại hòn đảo trên không của Isura anh đã gặp Claire.
câu chuyện của một cô gái trẻ mồ côi, Fena Houtman. Fena đã được lớn lên trên một hòn đảo, nơi không có hy vọng trở thành bất cứ điều gì khác hơn là chattel, bị sử dụng và vứt bỏ bởi những người lính của Đế quốc Anh. Nhưng Fena không chỉ là một đứa trẻ mồ côi không nơi nương tựa.