Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Câu chuyện kể về Berry, một cô gái bình thường sống trong một gia đình bình thường. Và khi cô gặp Hack, một cô gái có vẻ ngoài không khác gì nam giới, cô bị Hack quyến rũ, Berry gặp mặt nhóm Hack dẫn đầu, Câu lạc bộ thám tử ma quái.
Bối cảnh câu chuyện vào năm 331 theo Lịch Quỹ Đạo, khi con người du canh du cư trên các Colony trong vũ trụ. Một cô gái tên Akiha Shishidou đã gặp phải một trí thông minh nhân tạo trong một Colony tên là Leopard.Cùng với Akiha còn có một cảnh sát liên Thuộc địa tên Itsuki Kannagi, một cô gái trầm lặng tên Honoka Kawai, và imo-chan một robot của nhà Shishidou.
Synonyms: The Legend of the Galactic Heroes: The New Thesis - Stellar War Part 1, Ginga Eiyuu Densetsu: Die Neue These 2nd Season. Japanese: 銀河英雄伝説 Die Neue These 星乱 第1章