Câu chuyện lấy bối cảnh trong một thế giới thống trị bởi thần linh và quái vật, nơi con người bị hãm ép và phải lui vào đường tuyệt diệt. Trong một khu rừng của golem, người cai quản khu rừng và một cô gái loài người nhỏ bé đã gặp nhau. Và chuyến phiêu lưu của người cha nuôi cùng cô con gái của mình đã bắt đầu như thế.
500 năm trước một đứa trẻ dị giáo được mang lên thiên đình và giao vào tay Konzen Douji chăm sóc, tại đây Goku – đứa trẻ ấy đã tìm được những người bạn thật sự của mình. Khi chứng kiến Nataku chết trước mặt, Goku đã nổi điên và giết hết tất cả binh lính của thiên đình có mặt tại nơi đó.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Một thế giới khác liên kết với thế giới này. 3 tập ngoại truyện của Hello World dưới góc nhìn của Katagaki Naomi đến từ 10 năm sau.