Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.
Trong một thế giới nơi Quỷ vương đã chết, một loạt á thần có khả năng hạ gục hắn đã kế thừa thế giới. Một kiếm sĩ bậc thầy có thể tìm ra cách hạ gục đối thủ chỉ bằng một cái nhìn
Arsène Lupin III, cháu nội của siêu đạo chích huyền thoại Arsène Lupin, được mệnh danh là tên trộm xuất chúng nhất thế giới, nổi tiếng với việc thông báo trước những vật báu quý giá mà mình sẽ định lấy đi cho chủ sở hữu của nó.Trợ thủ đắc lực và cũng là đồng minh thân cận nhất của Lupin là Daisuke Jigen, một thiện xạ - người có thể rút súng hạ gục mục tiêu trong vòng 0.3 giây. Mặc dù Lupin và Jigen thường xuyên làm việc theo nhóm hai người, nhưng đôi khi họ cũng xuất hiện cùng với Goemon
Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Câu chuyện xoay quanh một cô bé tên là Sana, người là một trong những đứa trẻ nắm giữ sức mạnh của "Giấc mơ của Alice", một khả năng cho phép cô thực hiện bất cứ điều gì cô tưởng tượng. Sau khi thoát khỏi phòng thí nghiệm nơi cô ấy là một đối tượng thử nghiệm, Sana kết thúc trong một thế giới bình thường, nơi cô gặp một người đàn ông tên là Zouroku, nhưng anh ta sẽ giúp cô ấy chứ?