Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Lấy bối cảnh vào năm 2029, một sự rạn nứt giữa các chiều đã mở ra, với những kẻ xâm lược chiếm lấy Nhật Bản như chúng ta đã biết. Bây giờ được đặt tên là Genkoku Nippon, công dân của nó đang chịu sự giám sát của Shinkoku Nippon. Mặc dù vậy, một nhóm nhỏ được gọi là Arahabaki chiến đấu để bảo tồn những thứ họ yêu thích bao gồm anime, manga và trò chơi điện tử.
Kirito vào chơi Gun Gale dưới dạng 1 character "Nam" nhưng ngoại hình lại là "Nữ" do game bị lỗi, và Sinon là một em hướng dẫn và sát cánh cùng Kirito trong game.
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto
Dựa theo cuốn tiểu thuyết nổi tiếng "Bá tước Monte Cristo" của nhà văn Alexander Dumas Gankutsuou lại lấy bối cảnh ở tương lai, khi con người có thể di chuyển dễ dàng qua các hành tinh Bắt đầu từ việc Albert - một quý tộc đến từ Paris lên mặt trăng tham dự lễ hội hóa trang. Tại đây, cậu gặp bá tước Monte Cristo - một bá tước giàu có nhưng đầy bí ẩn - và nhanh chóng kết thân với con người lạ mặt này. Để cảm ơn cứu mạng của bá tước trước băng cướp của Luigi Vampa, cậu đã mời ân nhân về nhà tại