Câu chuyện xoay quanh một chú rồng không sống theo những tiêu chuẩn được đặt ra cho mình nên gia đình đã đuổi cậu ta đi. Cậu bắt tay vào công cuộc tìm kiếm một ngôi nhà mới. Tuy nhiên, không lâu sau, cậu nhận ra rằng cuộc sống lang thang bụi đời không đúng với một quái thú trong huyền thoại
Câu chuyện diễn ra tại thành phố Z của Nhật Bản tại thời điểm thế giới đầy những quái vật bí ẩn với sức mạnh ghê ghớm đã xuất hiện và gây ra biết bao nhiêu thảm họa. Nhưng cũng chính tại đây xuất hiện 1 siêu anh hùng đấm phát chết luôn, có thể dễ dàng đánh bại và tiêu diệt những con quái vật này.
Câu chuyện xãy ra vào năm 2055. Chiến trường lần này là thế giới mô phỏng Trái đất được gọi là Second World. Những trận đấu trong phần này được gọi với cái War Time.
Trong một thế giới nơi con người và các robot tồn tại cùng nhau, Rouge là một cô gái robot, đang thực hiện một nhiệm vụ trên Sao Hỏa cùng với đối tác của mình là Naomi. Nhiệm vụ của họ là ám sát chín người nhân tạo đối lập với chính phủ.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.