Công chúa Millhiore Filianno Biscotti đã đích thân đứng lên triệu hồi dũng sĩ mang tên Shinku hòng cứu lấy đất nước xinh đẹp của mình. Thế nhưng vị dũng sĩ mang tên Shinku đó chỉ là một cậu học sinh cấp 2, chưa hề biết gì về những chuyện này.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.
ói về một sự mất tích bí ẩn đang xảy ra sau khi một khác trong Tatsumi Town. Kiriya có một tầm nhìn từ một cô gái xinh đẹp bí ẩn với đôi tai nhọn. Một cuốn sách nói cho một thế giới khác được tìm thấy. Và Mao tìm kiếm người bạn bị mất từ lâu của mình, Zero, đến với thế giới của chúng tôi.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.