Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
Trường trung học Nijigasaki nằm ở Odaiba, Tokyo. Trường nổi tiếng bởi phong cách học tự do và các chuyên ngành đa dạng. Câu chuyện xoay quanh các thành viên của câu lạc bộ thần tượng trường học ở Nijigasaki, và nỗ lực của họ để ngăn câu lạc bộ bị giải tán.
Khi con người mơ, những ham muốn và cảm xúc tột cùng của họ sẽ được thể hiện trong giới hạn của tâm trí. Nhưng khi những cảm xúc mạnh mẽ ấy vượt qua giới hạn để tiến vào thực tế thì giấc mơ sẽ trở thành một cơn ác mộng không kiểm soát được.
Một câu chuyện hài lãng mạn về chàng “boy nhà nghèo” Futaro Uesugi đang học năm 2 trung học. Để có thêm thu nhập, cậu trai trẻ đã đi làm gia sư cho một gia đình giàu nọ. Bất ngờ thay, người mà cậu dạy kèm lại là bạn học của cậu. Và đặc biệt hơn, đó không chỉ là một mà là 5 cô nàng xinh đẹp. Liệu cậu phải làm gì để “trị” được 5 cô nàng xinh đẹp nhưng không thích học?