The Kusaribe family is a family of sorcerers under the protection of the "Tree of Origins". Their princess, Hakaze Kusaribe, was the greatest sorceress of their family. But Samon Kusaribe, a member of their family seeking to resurrect the "Tree of Worlds End", a tree that opposes the "Tree of Origins" and controls the power of destruction, stuffs her into a barrel, and banishes her to a deserted island.
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Thành phố London-ish đại diện cho toàn bộ nền văn minh chạy bằng than và năng lượng hơi nước. Bởi vì hơi nước, thành phố đôi khi được bao phủ trong một màn sương. Villains tận dụng lợi thế của màn sương để ẩn giấu và thực hiện các kế hoạch tội ác của hắn
Trong tương lai con người bị một loài quái vật bí ẩn ”Designated Aberrant Disaster: Noise” tấn công. Nhóm song ca nổi tiếng ”Twei Wing” đã mặc những bộ giáp vũ trang thế hệ mới ”Symphogear” chiến đấu chống lại Noise bảo vệ Trái Đất.