Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Câu chuyện diễn ra trong một tương lai không xa. Đột nhiên có 5 "Điểm đen" xuất hiện trên thế giới với vai trò là những cánh cổng dẫn đến thế giới song song. Ngay sau đó, có những sinh vật kì lạ bắt đầu xâm chiếm Trái đất từ những "Điểm đen" đó. Những sinh vật kì lạ này là cư dân của 5 thế giới song song xem phim. Để đảm bảo cho sự sống còn của mình, mỗi cư dẫn ở 5 thế giới đều chiến đấu với nhau để quyết định số phận của họ. Chiếc chìa khóa để quyết định đó chính là thiết bị đấu bài.
Được chuyển thể từ manga cùng tên. Nhân vật chính Koko Hekmatyar là 1 tay buôn vũ khí trẻ tuổi, luôn tháp tùng cô trong mỗi chuyến hàng là 1 nhóm các cựu binh thiện chiến. Phát hiện mới nhất của cô là Jonah, 1 cậu bé có kĩ năng chiến đấu rất cao nhưng lại ghét vũ khí, cậu gia nhập nhóm của cô để tìm ra kẻ đã sát hại gia đình mình.
Giờ là năm 2577, con tàu có người lái đầu tiên đã đáp xuống Sao Hỏa với 6 phi hành gia được đưa đến để làm nhiệm vụ. Nhưng tất cả những gì họ thấy được là Những con Gián đột biến hình người với sức mạnh kinh hồn. Họ đã bị giết sạch, tuy nhiên, họ đã gửi được tín hiệu về Trái Đất. Giờ đây, con người đã đưa các chiến binh ưu tú nhất để diệt gọn đám bọ đột biến và giành lại Sao Hỏa.
Life hasnt been fair to Koyomi Morishita. Even though shes in high school, shes so short that everyone assumes shes still in grade school. The boys and girls in her school tease her mercilessly, and shes not exactly graceful either. On the other hand, shes still better off than Yumiko, who has a magician trying to kill her. Or at least Koyomi was until their paths crossed!