Trong một tương lai gần, một căn bệnh tên là "Cagaster" đã xuất hiện. Nó biến con người thành côn trùng. Câu chuyện bắt đầu sau 30 năm kể từ khi phát bệnh, vào năm 2125. Nó kể về cuộc phiêu lưu của Kidou chiến đấu chống lại côn trùng .
Sau khi chiến đấu trong cuộc chiến tranh giữa các vì sao, nhân loại hình thành Liên minh Galactic để mang lại sự ổn định và ngăn chặn xung đột giữa các hành tinh khác nhau. Tuy nhiên, tranh chấp giữa các thành viên của liên minh vẫn nổ ra. Tổ chức Galactic được thành lập để mang lại trật tự cho liên minh
Dựa theo cuốn tiểu thuyết nổi tiếng "Bá tước Monte Cristo" của nhà văn Alexander Dumas Gankutsuou lại lấy bối cảnh ở tương lai, khi con người có thể di chuyển dễ dàng qua các hành tinh Bắt đầu từ việc Albert - một quý tộc đến từ Paris lên mặt trăng tham dự lễ hội hóa trang. Tại đây, cậu gặp bá tước Monte Cristo - một bá tước giàu có nhưng đầy bí ẩn - và nhanh chóng kết thân với con người lạ mặt này. Để cảm ơn cứu mạng của bá tước trước băng cướp của Luigi Vampa, cậu đã mời ân nhân về nhà tại
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Vào một đêm hè 2006, khi còn là hai chú bé, hai anh em Mutta (1993) và Hibito (1996) đã nhìn thấy một vật thể lạ bay tới mặt trăng. Họ đã quyết định trong đêm đó rằng tương lai sẽ trở thành những phi hành gia bay vào vũ trụ. Năm 2025, Hibito đã trở thành một phi hành gia và chuẩn bị bay lên mặt trăng.