Naruto đã đạt ước nguyện của mình trở thành Hokaghe và kết hôn cùng Hinata sau đó có 2 đứa con Tên là Boruto và Himawari thế là Một thế hệ mới của Ninja đã sẵn sàng để có những giai đoạn mới nối tiếp Phần thứ 2 Naruto Shippuuden
Pocket Monsters, gọi tắt là "Pokémon", là những sinh vật kì lạ với vô vàn bí ẩn trên hành tinh này. Chúng có thể được nhìn thấy ở khắp nơi, trên bầu trời, dưới biển sâu, trong rừng rậm, cũng như trong những thành phố đông đúc cư dân.
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
Cốt truyện xoay quanh cậu bé tên Ueki được trao cho sức mạnh siêu nhiên để tham gia vào các trận thi đấu để trở thành vị thần kế vị trên thiên đàng, cậu bé đã dần dần tập họp được một nhóm khi tham gia cuộc thi và họ đã cùng nhau chiến đấu vì lý tưởng của mình.
Yusuke Yotsuya là một học sinh lớp 9, sống thực tế, không thân thiện và không hề tham gia bất cứ hoạt động trong CLB nào. Đến một ngày nọ, cậu cùng hai người bạn nữ cùng lớp đã bất ngờ bị chuyển đến một thế giới khác, nơi mà họ phải hợp tác với nhau để chống chọi lại cuộc sống ở thế giới mới.