Gundam Breaker Battlogue Project hướng tới củng cố mối liên kết giữa series game Gundam Breaker và các mẫu ráp hình Gundam (gunpla). Các Mobile Suit với thiết kế mới này sẽ xuất hiện trong cả game lẫn ngoài đời thực (mô hình gunpla).
Bối cảnh phim là một phiên bản khác của thành phố Tokyo, nơi bị tàn phá bởi một cuộc tấn công gây chấn động của bọn khủng bố. Đầu mối duy nhất về danh tính của bọn thủ phạm chính là một video lạ được tải lên mạng. Không chỉ phải đau đầu vì đầu mối này, cảnh sát cũng đang bất lực trong việc ngăn chặn chứng Paranoia (chứng hoang tưởng) đang lan rộng xuyên khắp Nhật Bản.
Một ngày nọ, ba cậu học sinh sơ trung – Kazuki Yasaka, Toi Kuji, và Enta Jinai – tình cờ gặp một sinh vật lạ có hình dáng giống kappa, tên của nó là Keppi và nó tự xưng mình là người kế thừa ngôi vị tại vương quốc Kappa.
Okajima Rokuro - now known almost exclusively as Rock - was once a typical, put-upon Japanese businessman. Then, on a routine business trip, he was kidnapped and ransomed by the Lagoon Company: a band of mercenary pirates operating out of the crime-riddled city of Roanapur. Abandoned by his bosses, he joined the Lagoon Company. Now he must try and stay afloat amongst the ever-shifting politics of the criminal underworld, while simultaneously avoiding death at the hands of his quick-tempered, gun-toting co-worker, Two Hand Revy.
Shun Tokinoya là học sinh trung học năm thứ hai sống cùng mẹ và em gái. Sau khi cha anh qua đời trong một vụ tai nạn và em gái anh bị thương, anh đã bỏ trò chơi mà mình yêu thích và hiện làm việc tại một quán cà phê thể thao điện tử tên là "FOX ONE".