2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Mai, một Santa thực tập, xuất hiện trước mặt một cậu bé kém may mắn tên là Santa vào đêm Giáng sinh, đã hứa với anh rằng cô sẽ làm cho anh ta hạnh phúc trong một đêm.
Có một thành phố được ngăn cách với bên ngoài bởi biển. Nơi đây tập trung phần lớn các nhà thám hiểm và các thương nhân từ khắp mọi nơi trên thế giới về. Thành phố được xem như là kho báu có giá trị to lớn đối với thế giới. Câu chuyện diễn ra tại 1 tòa biệt thự nằm ven biển, thành viên trong đây được biết đến là tổ chức Oasis, gồm 1 chàng trai và ... cô gái
Dựa trên bộ manga của Hoshino Katsura.Akuma là quái vật được sinh ra từ tình yêu mù quáng của những người thân, là vũ khí của Bá tước ngàn năm với ý đồ hủy diệt thế giới. Allen Walker với vũ khí diệt Akuma và con mắt có thể nhìn thấy linh hồn Akuma đã tham gia một tổ chức có tên là Giáo Đoàn Đen- nơi tập hợp những người đang nỗ lực chống lại Bá tước ngàn năm.