Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Urushiba Rinka, một cô gái cao trung sống một cuộc sống nghèo khó, vất vả. Bỗng một ngày cô gặp một đàn chim cánh cụt bay qua bầu trời và những con cá bay lượn tung tăng, vâng, chính xác là bay lượn tung tăng, và những con cá đó lại bị đàn chim cánh cụt truy đuổi. Đúng lúc đó, đột nhiên Rinka bị một con cá bay xuyên qua người, và từ ấy cô sở hữu siêu năng lực "vượt qua mọi giới hạn vật lý" hay chúng ta vẫn gọi là "đi xuyên tường". Rinka cùng một người khác cũng mang trong mình siêu năng lực là
Gái cute ngốc nghếch chiến với gái cute bệnh hoạn. Amane Todoroki is a young girl who is straightforward but also unthinking. She will try her very best in everything and say, "I dont know how to answer you if you ask me whether this can be done. I just believe it can. If not, then nothing will get started!" She easily gets stuck in her thinking, but she can also get easily moved at something small and start crying.
Marin và Urin, 2 chị em được gọi là "pure" sống trên biển. Nhưng họ luôn hướng tới 1 thế giới bên ngoài mặt biển, sâu trong đất liền.Một ngày nọ, một chiếc nhẫn rơi xuống giữa lòng biển xanh và Marin, Urin nhặt được nó. 2 người quyết định lần đầu tiên sẽ rời biển để tìm trả lại cho chủ nhân chiếc nhẫn. Sau một cuộc hành trình gian nan, họ đến 1 hòn đảo cô độc và ở đây có 1 cô bé cấp 3 sống.Cuộc gặp gỡ giữa 3 người - 2 miko của Biển và 1 miko của Bầu trời - làm thức tỉnh một sức mạnh tiềm tàng
Đó là ngày đầu tiên của năm học mới. Học sinh lớp 5 Ari và những người bạn thân nhất của cô, Suha và Min đã bắt đầu một hoạt động sau giờ học gọi là Câu lạc bộ giải quyết vấn đề. Tuy nhiên, dường như không ai có bất kỳ vấn đề nào cần phải giải quyết. Ari thất vọng khi phát hiện ra một con chuột lang bất tỉnh trên đường.