Câu chuyện kể về Joey Jones, 1 cậu bé sống ở dọc bờ viễn tây nước Mỹ. Vào 1 ngày nọ cậu vô tình nhặt được 1 con robot đồ chơi của 1 người bạn cùng trường đã bị hỏng và bị vất vào thùng rác. Do đây là con robot mà cậu hằng mong muốn nên cậu đã nhặt nó về sửa chữa, và rồi 1 sự cố đã giúp con robot đồ chơi của cậu biến thành 1 con robot thực sự.
Vùng đất do những con thú khổng lồ tạo ra đã bị con người đánh cắp. Quá tức giận, những con thú bắt đầu ăn thịt con người, con người đã kêu gọi các vị thần chiến đấu với những con thú. Trong thời đại của kiếm, anh hùng và thần thoại, những con thú khổng lồ bị con người săn lùng để lấy lợi lộc.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Gob-Rou đã bất ngờ bị đâm bởi một kẻ bám đuôi, khi tỉnh dậy thì anh thấy mình đã chuyển sinh thành Goblin yếu nhất. Nhờ Năng Lực Thôn Phệ cho phép càng ăn nhiều thì càng mạnh, anh đã tiến hóa phi thường, trở thành thủ lĩnh của quần thể Goblin..
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất