Konoe Subaru, 17 tuổi, là quản gia của một cô tiểu thư giàu có học cùng lớp, Suzutsuki Kanade. Do hoàn cảnh, Subaru phải giả làm con trai để theo Suzutsuki trong suốt 3 năm trung học mà không để bị lộ. Nhưng rồi một ngày nọ, Subaru đã bị Kinjorou phát hiện ra thân phận thật sự. Liệu câu chuyện sẽ đi về đâu?
Câu chuyện xoay quanh cô bé Suzumiya Haruhi, học sinh mới nhập trường, với lời tuyên bố trước lớp: “Tôi không thích người bình thường. Nếu các người là người ngoài hành tinh (Allien), người tới từ tương lai, hoặc siêu nhân, thì hãy nghĩ đến chuyện làm bạn với tôi.
Trường trung học Nijigasaki nằm ở Odaiba, Tokyo. Trường nổi tiếng bởi phong cách học tự do và các chuyên ngành đa dạng. Câu chuyện xoay quanh các thành viên của câu lạc bộ thần tượng trường học ở Nijigasaki, và nỗ lực của họ để ngăn câu lạc bộ bị giải tán.
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Sau cái chết của cha mẹ, 2 anh em sinh đôi Akito và Akiko được đoạn tụ sau 6 năm. Vì Akito muốn sống như gia đình nên 2 anh em giờ sống chung với nhau, mọi việc ban đầu đều ổn thỏa, cho tới khi Akiko thể hiện tình yêu của mình dành cho người anh trai.