Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
vẫn xoay quanh Makoto – thanh niên vô tình được đưa đến một thế giới song song. Makoto được định sẽ trở thành anh hùng, nhưng vì ngoại hình của cậu quá xấu so với tiêu chuẩn thẩm mỹ của các vị thần nên đã bị đày đi nơi khác.
Taichi Nishimura và cô bạn Rin Azuma, cả hai người họ đột nhiên bị dịch chuyển sang một thế giới giả tưởng. Trong thế giới của mình, Taichi chỉ là một cậu học sinh bình thường và có phản xạ khá tốt. Ở thế giới mới này, cả Taichi và Rin đều có năng lực pháp thuật và thể lực ở cấp độ cao. Thế là họ trở thành pháp sư và bắt đầu cuộc sống mới.
Câu chuyện về tình yêu và không chiến của một vị hoàng tử đã mất tất cả mọi thứ cho một cuộc cách mạng, một cô gái trở thành biểu tượng của cuộc cách mạng và một cô gái khác trên cuộc hành trình của riêng mình.Vị hoàng tử mồ côi đó nay đã đổi tên thành Karueru và bắt đầu dấn thân vào một chuyến đi không có đường lùi để khám phá đến tận cùng trời cuối đất. Tại hòn đảo trên không của Isura anh đã gặp Claire.
A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.