Câu chuyện diễn ra tại một thế giới có những loài vật tên "Spiral" được sinh ra từ sự cô độc. Những người có khả năng đánh bại chúng được gọi là các "Period". Haru là một Period học việc trong Sư Đoàn 8 Arc End. Tuy nhiên, sau một vụ cướp bí ẩn, nền kinh tế bỗng sụp đổ, và trụ sở Arc End giải tán Sư Đoàn 8, để lại mỗi 3 Period, trong đó có Haru.
Paranoia Agent nói về Sagi Tsukiko là 1 designer trẻ tuổi mới nổi nhờ mẫu thiết kế mới nhất của cô, chú chó Maromi. 1 đêm nọ, khi đang trên đường về nhà Tsukiko bị 1 kẻ lạ mặt tấn công. Cô miêu tả hắn "là 1 thằng nhóc cấp 1, đi giày trượt vàng, cầm chiếc gậy bóng chày vàng bị bẻ cong", sau cảnh sát đặt biệt hiệu "Shounen Bat" (Lil Slugger).
Vào năm thứ ba dưới triều đại của Hoàng đế Shizong, thế giới hỗn loạn và người dân rất khó kiếm sống. Chính quyền hoàng gia trung ương sụp đổ, gây ra sự phân chia các khu vực và thành lập các nhóm quyền lực độc lập. Các giáo phái và nhóm ma quỷ hoạt động bí mật và các băng nhóm khác nhau chiến đấu với nhau.
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.
kể về cô gái chạy trốn Ellis, một cô gái trẻ bị nghi ngờ giết chết một nhà vật lý nổi tiếng Heinrich Schneider, đang chạy trốn khỏi một xã hội bí mật được gọi “Hunters” khi cô được theo dõi bởi các thợ săn bounty Nadie trong một thị trấn nhỏ ở Mexico