Ma Vương Arnos, kẻ đã quá chán ngấy vì cảnh đối địch giữa nhân loại, tinh linh và thần linh. Vậy nên hắn đã quyết định sẽ hi sinh bản thân mình bằng cách dựng nên một bức tường ngăn cách nhân loại, tinh linh,... Chấm dứt một khoảng thời gian dài đối địch liên miên. Và hắn đã dự định sẽ đầu thai lại vào 2000 năm sau.
Tiếp nối Cardfight! Vanguard, Cardfight! Vanguard G sẽ kể về một huyền thoại mới, về một hành trình mới của Shindou Chrono, Kiba Shion, Anjou Tokoha.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.
CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.