Một thuật ngữ cho những người có nhiệm vụ là để bảo vệ thế giới khỏi sự sắp xảy ra trong bóng tối. Renji Hiiragi là một ví dụ Night Wizard, người được gọi là liên tục trên các nhiệm vụ, mặc dù tất cả anh muốn là để có thể đi học và sau đại học.Tuy nhiên, lệnh gần nhất của ông là để bảo vệ Elis Shiho, là một học sinh mới chuyển vào học viện của mình.
Lấy bối cảnh một thế giới với sự hiện diện của phép thuật, nợi mà quyền lực được cân bằng bởi Amoria và Ishifen, hòa bình được thiết lập. Nhưng rồi một ngày con rồng Daganzord xuất hiện, tàn phá tất cả mọi thứ. Bario và Kismitete cố gắng phong ấn con rồng nhưng thất bại… Con trai của họ là Hiiro được Giruu cứu thoát…. Sau này người ta gọi đó là thảm họa Balbagoa.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Cốt truyện xoay quanh cậu bé tên Ueki được trao cho sức mạnh siêu nhiên để tham gia vào các trận thi đấu để trở thành vị thần kế vị trên thiên đàng, cậu bé đã dần dần tập họp được một nhóm khi tham gia cuộc thi và họ đã cùng nhau chiến đấu vì lý tưởng của mình.
Bộ truyện sẽ khám phá một vũ trụ thay thế cho bộ chính, và sẽ tập trung vào Kouji Ibuki, một nhân vật phản diện trong Cardfight !! Phim Vanguard: neon Messiah và Suiko Tatsunagi.