Những hang động khổng lồ, được gọi là Thung lũng, là nơi duy nhất chưa được khám phá trên thế giới. Không ai biết khi đi sâu xuống qua các hố khổng lồ nơi có những sinh vật kỳ lạ và kỳ diệu và đầy những di tích cổ kính bí ẩn mà người ta không biết đến ở thời hiện đại này.
Shiba Miyukis classmate Kitayama Shizuku is on her way to study abroad. For magicians, this is normally impossible, since allowing the genes of someone who can use magic outside their home countrys borders is tantamount to giving up national secrets.
Câu chuyện xoay quanh những con người ở Thái Vân quốc, vẽ nên bức tranh tuy chân thực nhưng cũng đầy chất thơ về một thời đại cổ xưa. Ở nơi đó, vị Hoàng đế 19 tuổi đăng cơ sau khi cuộc chiến ròng rã tranh đoạt ngai vàng của Hoàng thất vừa kết thúc. Gánh trách nhiệm giang sơn trên vai, Hoàng đế Shi Ryuuki lại chỉ một lòng muốn đem ngôi vị nhường lại cho người Hoàng huynh lưu lạc đã lâu, từ đó sinh ra chểnh mảng việc nước, khiến cho bá quan đều cảm thấy bất phục.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Nó, là một vật thể bất tử, được gửi đến Trái Đất, Nó không mang cảm xúc, cũng không có danh tính. Tuy nhiên, Nó có thể nhập vào bất cứ sinh vật nào có năng lượng. Lúc đầu, Nó là một khối cầu tròn. Sau đó, Nó bắt đầu mô phỏng hình dáng của đá.