Morikawa Kokone - một nữ sinh sắp bước vào kì thi đại học cứ hay ngủ gật cả ngày. Thêm vào đó, cô bé liên tục gặp phải những giấc mơ kỳ lạ. Những giấc mơ khác thường về các cỗ máy dường như cố cho cô biết về bí mật gia đình mình.
Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01.
Shun là một nhà văn, sau khi chạy trốn khỏi hôn lễ của chính mình, anh ẩn thân trên hòn đảo Okinawa. Tại đây, Shun gặp được Mio, một cậu học sinh cấp 3 trầm lặng, luôn nhìn về phía biển cho đến khi trời tối.
Một thế giới nơi nó đã được thiết lập mà mọi người thường xuyên qua lại giữa các thế giới song song nhưng có một số khác biệt đôi chút.
Câu chuyện là cuộc đối đầu giữa tổ chức Mishima Zaibatsu - Jin Kazama. và tổ chức G Corporation đối lập với Mishima Zaibatsu. Cả hai đều tìm kiếm thông tin về một học sinh có tên Shin Kamiya.cả hai bên quyết định cài người vào để tiếp cận Shin, Đại diện bên Jin là Alisa và bên Kamiya là Xiaoyu, trong quá trình làm nhiệm vụ hai người họ vô tình trở thành bạn thân của nhau.