Ngay sau khi xuất hiện vụ nổ xảy ra tại vùng vịnh Tokyo, nơi đang diễn ra cuộc họp các quan chức cấp cao. Ở hiện trường vụ án đã thấy bóng dáng của Tooru Amuro, "kẻ 3 mặt" ấy vừa là Zero trong Cục cảnh sát an ninh quốc gia, vừa là thám tử Rei Furuya, đồng thời cũng là Bourbon thuộc tổ chức áo đen.
Keroro vs. Keroro Great Sky Duel de arimasu! là movie thứ 3 của loạt phim Keroro Gunso sản xuất bởi Sunrise Phim bắt đầu với việc Fuyuki Hinata và Tiểu đội Keroro khám phá Machu Picchu trong Peru. Trong khi khám phá, Keroro đã đụng vào bẫy, và bởi cơ hội đó, cậu ấy tìm ra một tinh thể khổng lồ xanh bên dưới di tích, và có một chìa khóa. Keroro tái máy tay chân Và từ đây câu chuyện bắt đầu
Câu chuyện bắt đầu khi con gái của thần gió (theo như "máy phân tích đa năng") xuất hiện ở Tôkyô và được Nôbita đem về nuôi với cái tên Fukô. Fukô ẩn mình trong lốt gấu bông để ngụy trang, không may "cô bé" lại bị Xêkô phát hiện và muốn bắt làm của riêng. Ngày hôm sau, Đôrêmon và các bạn đưa Fukô đến một vùng thảo nguyên để chơi đùa.
Đó là Tib con mèo đen dẫn Mary đến những bông hoa lạ thường trong rừng. Khi cô khám phá ra một cái cây chổi nhỏ ngay sau đó, cô ấy rất ngạc nhiên khi thấy nó nhảy vào hành động. Trước khi cô có thể tập hợp được trí thông minh của mình, nó đang quất cô trên các ngọn cây, trên những đám mây, và vào căn cứ của Endor College
một cô gái có tên là Akane, cô là một người rất nhút nhát, đặc biệt cô luôn tự tin vào bản thân của mình. Vào một ngày đẹp trời, hôm đó cũng là lúc mà Akane đang tất bận chuẩn bị cho sinh nhật của mình, thù cô lại bắt gặp một giả kim thuật sư, ông ta tự sưng tên là Hippocrates và đồ đệ Pipo. Cả hai kể với cô rằng họ đang thực hiện nhiệm vụ giải cứu thế giới.