Đây là phiên bản làm lại từ phim chiếu rạp cùng tên gồm 7 tập phim. Nội dung tập đầu tiên không có trong nguyên tác, kể về câu chuyện dẫn dắt vào vụ án mất tích người trên đoàn tàu Vô Tận và 6 tập còn lại sẽ bao quát toàn bộ nội dung phim chiếu rạp cùng tên kèm theo 70 phân cảnh và nhạc nền mới.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
câu chuyện kể về những biến đổi trong một tương lai không xa, con người đã thiết kế nên những trò chơi đặc biệt bằng những lá bài được gọi là “Battle Spirit” khi người chơi bắt buộc phải chấp nhận đối mặt với nhau, tính phổ biến của trò chơi này lúc đầu khá ít nhưng dần nó đã phát triển mạnh mẽ và đã trở nên phổ biển hơn trong thế giới.
Thánh kiếm "Excalibur." Thanh kiếm của sự lựa chọn để đánh giá vị vua cai trị vương quốc Anh. Những người kéo được thanh kiếm đó ra được gọi là "Arthur" và có sức mạnh vô cùng vĩ đại. Tuy nhiên, đã có nhiều thánh kiếm Excalibur được rút ra và tạo nên nhiều người sở hữu sức mạnh khổng lồ làm biến dạng lịch sử