Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Trên lục địa bị cai trị bởi sự hỗn loạn, các chúa tể có quyền lực của một dấu ấn thánh thần có thể làm dịu sự hỗn loạn và bảo vệ người dân. Tuy nhiên, trước khi ai đó nhận ra điều đó, các nhà cai trị đã gạt tín ngưỡng của họ sang 1 bên để làm sạch sự hỗn loạn, và thay vì bắt đầu chém giết lẫn nhau để có được sự thống trị của nhau.
Makunouchi Ippo là một học sinh Trung Học bình thường ở Nhật Bản. Kể từ khi cậu dành hết thời gian học tập ở trường để phụ giúp mẹ của cậu ấy trong việc kinh doanh của gia đình cậu đã không có được một tuổi thơ như bao người bạn đồng trang lứa khác. Cậu luôn là mục tiêu bị bắt nạt ở trường (Công việc kinh doanh của nhà cậu liên quan đến đánh bắt cá, nghề này có một mùi đặc trưng), cuộc sống của Ippo luôn gặp phải những sóng gió.
Valkyria Chronicles is set in a fictitious continent reminiscent of 1930s Europe. The continent, called Europa, is divided into two main powers: The Imperial Empire, a monarchy in the east, and the alliance of democracies called the Federation in the west.