Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh. Do một loại vũ khí đặc biệt được sử dụng trong "Cuộc Chiến Cuối Cùng", cơ thể con người sẽ tự phát nổ ngay cả khi đến gần một ngọn lửa rất nhỏ
Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Khi Azuma Ikki trở về Nhật Bản sau 10 năm, Anh bị tấn công bởi một nhóm người có vũ trang và trở thành tù nhân của họ. Kogane Asabuki, một người bạn thời thơ ấu, cứu anh với một vũ khí trên tay phải của cô được biết đến như Bubuki; một vũ khí với suy nghĩ riêng. Azuma Ikki, một người sử dụng Bubuki, biết về sự tồn tại của Bubuki và đi trên một cuộc hành trình cùng với các bạn đồng hành
Phần tiếp theo của seri Last Exile nổi đình nổi đám từ 2003, ai là fan của bộ này hẳn không thể bỏ qua được. 2 nhân vật chính của phần này là Fam và Giselle, 2 nữ phi công của chiếc Vespa và là thành viên của nhóm Sky Pirates. Ngoài ra trong nhóm này còn có Dio, 1 nhân vật từ Last Exile phần đầu.
Trong suốt cuộc nội chiến giữa hai miền Nam-Bắc, phe phương Bắc đông hơn đã sử dụng ma thuật đen để biến ra những chiến binh có sức mạnh kinh khủng được gọi là chiến binh thần thánh. Giờ đây, chiến tranh đã kết thúc, những người mang sức mạnh ấy vẫn mang hình dạng quái vật, họ phải cố hoà hợp với xã hội thời bình, nếu không thì họ sẽ bị giết dưới tay thợ săn quái vật.