Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Fate/zero câu chuyện về cuộc chiến chén thánh 10 năm trước khi xảy ra sự kiện FSN Đây là project hợp tác giữa Waya và YamiSora, mong các bạn ủng hộ.
Câu chuyện xãy ra vào năm 2055. Chiến trường lần này là thế giới mô phỏng Trái đất được gọi là Second World. Những trận đấu trong phần này được gọi với cái War Time.
Kuro, một con người thuộc thế kỷ 12, trốn chạy đến một ngọn núi sau khi để thua anh trai mình. Tại đây, anh gặp một người phụ nữ xinh đẹp kỳ lạ tên Kuromitsu. Kuro yêu Kuromitsu nhưng anh nhận ra, rằng cô có liên quan tới một bí mật nào đó. Kuromitsu là người bất tử, cô không chết (và cũng không thể chết), đã và vẫn tiếp tục sống hàng ngàn năm… cho đến xã hội Nhật Bản tương lai
Một ngày nọ, Thần Vận Mệnh của Trái đất và Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã đặt cược. Thần Vận Mệnh đã thua và chọn mười linh hồn tầm thường để trao đổi. Đối với mười linh hồn đó, Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã trao cho họ những vị thể mới.