bác sĩ Emma Collins, người lãnh đạo một nhóm tại một hòn đảo nhỏ nghiên cứu ảnh hưởng của biến đổi khí hậu đối với cá mập trắng lớn . Nghiên cứu bị gián đoạn khi bạn trai cũ của nhà sinh vật học biển tên Richard đến, tìm kiếm một số con cá mập tăng cường
vào thời Thiên triều, sứ thần Đông Doanh mê hoặc hoàng đế, mưu đồ thả yêu thần đã bị phong ấn hàng nghìn năm Si Vưu, để gây họa cho nhân gian. Các kỳ môn giáo phái đã bao vây đàn áp để bảo vệ phong ấn.
60 năm sau những sự kiện ở phần trước. Máy móc vẫn đang nắm quyền cai trị xã hội, kiểm soát tâm trí con người bằng cách nhốt họ vào thế giới ảo được vi tính lập trình. Các thành viên tự do đột nhập vào Ma Trận, giải phóng tù nhân bằng cách giúp họ phân biệt hai thế giới thật – giả. Trong số đó, Neo (Keanu Reeves)
kể về việc tìm kiếm một nguồn năng lượng mới của Nga, việc làm đó đã vô tình tái kích hoạt Kolossus - một robot khổng lồ từ thời Chiến Tranh Lạnh có thể đem tới tận thế. Cùng lúc đó, một Mega Shark mới đã xuất hiện, đe dọa an ninh toàn cầu.
Một dịch bệnh di truyền giết sạch 99% dân số trên trái đất. Nhà khoa học Trevor Goodchild đã phát minh ra phương thuốc chữa bệnh, và 5 triệu người sống sót tập trung tại Bregna, thành phố cuối cùng của hành tinh xanh, được bao bọc bởi tường thành kiên cố.