Trong kỳ nghỉ hè Natsumi đã bị bắt cóc bởi những quái vật ngoài hành tinh, sau khi tỉnh dậy Natsumi gặp được hai người ngoài hành tinh là Meru và Maru. Sau khi trở thành Công chúa Biển sâu, Natsumi đã cảm thấy Meru bị ám ảnh bởi nỗi đau trong quá khứ. Tiểu đội Keroro một lần nữa xuất phát để giải cứu cho Natsumi.
Đây là câu chuyện về Tokisaki Kurumi mà đáng lẽ ra không nên kể Cô gái trẻ bị mất trí nhớ, Empty, người tỉnh dậy ở thế giới bên cạnh và gặp được Kurumi. Được cô chỉ dẫn, nơi mà cô đến là phòng học của trường.
Câu chuyện bắt đầu khi Nôbita được Đôrêmon mời đi một chuyến du lịch xuyên qua dải ngân hà bằng tàu lửa. Ngay ngày đầu tiên bước vào chuyến đi, Nôbita đã gặp nhiều tình huống kì lạ, rợn người khi cậu bị một tên ác quỷ và ninja hù doạ. Nôbita rủ thêm Chaien, Xêkô và Xuka cùng tham gia chuyến du lịch kì lạ này.
Câu chuyện được bắt đầu với tin một con tàu lạ chìm ngoài khơi vùng biển Bécmuđa. Vào kì nghỉ hè, nhóm bạn Nôbita bàn nhau xem đi lên núi hay xuống biển, Đôrêmon quyết định xuống biển và leo núi cùng một lúc bằng cách... xuống đáy biển. Xêkô, Chaien muốn an toàn còn Xuka không thể đi riêng với Nôbita được nên chỉ có Đôrêmon và Nôbita cùng đi với chiếc xe Baky.
Câu chuyện của Shisha không Teikoku diễn ra trong thế kỷ thứ 19 châu Âu, và xoay quanh John Watson. Ông được thám của chính phủ để trở thành một điệp viên bí mật. Tuy nhiên, Watson sống trong một thế giới mà “Frankenstein”, xác chết của con người được thêm thắt với một linh hồn giả để sử dụng chúng như người lao động, được sử dụng để cải thiện phát triển công nghiệp.