Hai năm sau kết thúc của phần 1 (The Bourne Identity), Bourne (Matt Damon) và Marie (Franka Potente) đang sống ở Goa, Ấn Độ. Trong những giấc mơ, Bourne luôn bị ám ảnh bởi một nhiệm vụ ám sát tại Berlin. Tại Đức, một số nhân viên CIA dưới sự chỉ đạo của phó giám đốc Pamela Landy đang thực hiện giao dị
Ami là một cô gái đại học điển hình. Cô ấy tươi sáng, thân thiện, phổ biến và thể thao, không có gì để đặt mình ngoài cô gái khác tuổi tác của mình khác hơn so với thực tế rằng cô ấy là một đứa trẻ mồ côi, còn lại để chăm sóc cho em trai của cô sau khi tự sát của cha mình sau khi bị vu cáo giết người. Nhưng trong khi có thảm kịch trong quá khứ của họ, tương lai là Anh em có vẻ tốt, ngoại trừ một điều
Cặp song sinh khác trứng ra để thoát khỏi Boston của những người đàn ông xấu xa hoạt động ở đó trong khi đang được theo dõi bởi một nhân viên FBI.
Callum Lynch, trong những thí nghiệm công nghệ vô tình kích hoạt được những ký ức trong tiềm thức, từ đó có thể trải nghiệm được những gì mà tổ tiên anh - Aguilar thực hiện từ thế kỷ 15 ở Tây Ban Nha. Không chỉ vậy, Callum phát hiện ra mình là hậu duệ của hội Sát thủ, được thừa hưởng những kỹ năng và kiến thức phi thường để đánh bại hội Templar trong thời hiện tại.
Fionas father has been killed in Florida, but she doesnt believe it was a suicide, and she learns that the prime suspect is a local drug kingpin with an army of mercenaries.