Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Pocket Monsters, gọi tắt là "Pokémon", là những sinh vật kì lạ với vô vàn bí ẩn trên hành tinh này. Chúng có thể được nhìn thấy ở khắp nơi, trên bầu trời, dưới biển sâu, trong rừng rậm, cũng như trong những thành phố đông đúc cư dân.
Chào mừng bạn đến với Khu nghỉ dưỡng Pokémon, chốn yên bình để Pokémon thư giãn và vui chơi. Nhân viên hỗ trợ mới Haru sẽ kết bạn và giúp đỡ vị khách nào trước đây?