Câu chuyện tập trung vào cậu bé Wataru đã đi đến thế giới Soukaizan để đáp lại lời kêu gọi từ nơi này. Sự hiện diện của cái ác đã bao trùm khắp vùng đất này và sức mạnh của robot Ryuujinmaru đã bị phong ấn. Cùng với những người đồng hành: Shibaraku, Toraou và Himiko, Wataru sẽ bắt đầu một cuộc phiêu lưu mới.
Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
bối cảnh tại tương lai ở những năm 20xx, vào thời điểm này, Akihabara – nơi từng được xưng tụng là “thánh địa Otaku” đã lụi tàn bởi văn hóa Otaku dần bị bài xích. Người chơi sẽ nhập vai với vai trò quản lý những cửa hàng Otaku còn sót lại. Họ sẽ phải giúp phát triển các cô giá tài năng và cùng nhau chiến đấu với một “vi-rút” lây nhiễm vào thế giới các tác phẩm, đồng thời phục hồi lại “trí nhớ” của mọi người.
Trong thời kỳ phong kiến của Nhật Bản, có một cuộc chiến giữa hai gia tộc ninja: Byakuro và Kabusu. Một đêm, Kabusu tổ chức một cuộc tấn công dữ dội vào lâu đài Byakuro với hy vọng bắt cóc công chúa trẻ sơ sinh của gia tộc.
Rakudai Ninja Rantaro được biết nhiều với tên Ninja loạn thị là loạt manga về ninja do Amako Sōbē thực hiện từ năm 1986. Nó được đăng lần đầu tiên trên báo Asahi Shogakusei Shinbun từ tháng 4 đến tháng 6 và từ tháng 10 đến tháng 12 hàng năm với tên Rakuran. Các chượng đã được tập hợp lại và phát hành thành 48 tankōbon tính đến tháng 4 năm 2011.