Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Một cơn gió giống như bệnh dịch thổi qua vùng đất cát khô cằn của Nhật Bản thời hậu tận thế. Khi nó quét qua người sống và người không sống, rỉ sét là tất cả những gì còn sót lại trong quá trình hoạt động của nó. Nguyên nhân của tình trạng thảm khốc của thế giới được cho là do bào tử nấm.
câu chuyện về những chuyến phiêu lưu của một thế giới hoàn toàn mới lạ với những khung cảnh đẹp như mơ.Những người bạn đồng hành cùng nhau trên chuyến hành trình này là những điều đáng ngạc nhiên, họ là cậu bé với lòng thích thú về một thế giới mới, những chú khủng long đồng hành và nhiều bạn động vật khác.
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.
Đảng Sanzou đã đến Ấn Độ. Ở vùng đất xa lạ này, nơi mà bạo động xảy ra tùm lum,các trận chém giết xảy ra liên miên Và số phận bi thảm của họ từ 500 năm trước đây & Họ sẽ tìm thấy gì vào trong cuộc hành trình của họ