Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
kể về Mizuki Natsumi lớp 4 cùng cô con gái Mirai (bằng 1 cách nào đó con của cô ấy sau 15 năm đi du hành ngược thời gian). Giờ cùng xem cách chăm con và sống cùng bà dì Izumi.
Kirito vào chơi Gun Gale dưới dạng 1 character "Nam" nhưng ngoại hình lại là "Nữ" do game bị lỗi, và Sinon là một em hướng dẫn và sát cánh cùng Kirito trong game.
Hiện nay, có hàng trăm sinh vật ngoài vũ trụ đến sống trên Trái Đất. Có loài đến trong hòa bình, có loài thích gây hấn, cũng có loài gần như bị tuyệt chủng. Sinh vật duy nhất vẫn chưa nhận ra điều này, chính là những cư dân sống trên Địa Cầu. Giờ đây lại có thêm những nguời ngòai hành tinh nữa.Trong số đó, có một chàng hoàng tử thiên tài nhưng có sở thích chọc ghẹo người khác Hãy cùng Tralophi Fansub xem tên hòang tử định giở những trò gì nhé!