Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Một nhóm Ma Mạng(Net Ghost) + Yuta Akigawa(con người) đi phá phách trong thế giới mạng
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu may mắn nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không ngờ đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với cô bạn xinh đẹp Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển sang bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định tiếp tục theo học để được ở lại
Chiharu Kashima là đội trưởng của biện pháp đối phó khủng hoảng phận của Cục Wizard. Một ngày, anh gặp một người đàn ông thân thiện mang tên Toyohi Utsumi tại quầy bar ông thường hay lui tới. Ngay sau cuộc họp, Utsumi thú nhận, “Tôi đã rơi vào tình yêu với Kashima-san.” Kashima là sửng sốt, nhưng hai sớm bắt đầu dành nhiều thời gian với nhau.
Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.