Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.
Umakai Shintaro, một nhà ngoại giao Nga gốc Nhật, đã bỏ việc và đi đến Sapporo để dạy tại một Học viện nữ sinh. Nhưng Học viện đó không nằm ở nơi bình thường mà ở trên một con tàu chiến gọi là Amanohara. Và năm cô gái Shintaro dạy nằm trong đơn vị tên là Raimu. Các cô gái hỗ trợ cho nhau và triệu hồi những thứ kì lạ
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Từ thời xa xưa, 72% nguyên nhân cái chết của người dân London liên quan trực tiếp đến Rồng, một sinh vật tưởng chừng như hư cấu nhưng lại vô cùng hiện hữu. Do đó, con người cần phải có biện pháp để ngăn chặn điều đó.
Puella Magi Madoka Magica là một loạt anime truyền hình dài 12 tập do Shaft và Aniplex hợp tác sản xuất. Ấm áp hơn hi vọng, sâu hơn nỗi tuyệt vọng, đó chính là tình yêu.