Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Khiên. Tiếc cái ở cái thế giới này lại tôn thờ Tam Đại Thánh Khí (chém đó) bao gồm Thương, Cung, Kiếm và tất nhiên Khiên lại được cho là thứ tà giáo
Hành tinh Endless Illusion huyền bí nằm đâu đó trong vũ trụ, là thiên đường cho bọn cướp, là địa ngục với những người tốt. Trên hành tinh đó, Van - người sở hữu một trong những Armor mạnh nhất - đang trên đường đi tìm kẻ thù của mình
Nueno Mesuke,Hay còn gọi là "Nube", là một thầy giáo nhưng công việc không chỉ có dạy học mà còn rất nhiều việc khác... Nói nhiều mất hay nhiêu đó thôi.
Life hasnt been fair to Koyomi Morishita. Even though shes in high school, shes so short that everyone assumes shes still in grade school. The boys and girls in her school tease her mercilessly, and shes not exactly graceful either. On the other hand, shes still better off than Yumiko, who has a magician trying to kill her. Or at least Koyomi was until their paths crossed!
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.