Kuro, một con người thuộc thế kỷ 12, trốn chạy đến một ngọn núi sau khi để thua anh trai mình. Tại đây, anh gặp một người phụ nữ xinh đẹp kỳ lạ tên Kuromitsu. Kuro yêu Kuromitsu nhưng anh nhận ra, rằng cô có liên quan tới một bí mật nào đó. Kuromitsu là người bất tử, cô không chết (và cũng không thể chết), đã và vẫn tiếp tục sống hàng ngàn năm… cho đến xã hội Nhật Bản tương lai
Câu chuyện xảy ra vào thời đại mà nhờ các thành tựu từ các thành phố trong khôn gian, 70% nhân loại đều đã sống bên ngoài không gian. Không gian giờ được kiểm soát bởi 2 thế lực lớn "Liên hiệp quan sự khối Dorushia" và "Vành đai hợp chủng quốc Hoa Kỳ đại tây dương" (ARUS). Có một nước trung lập tên Jiouru có nền công nghiệp rất phát triển.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
Tenchi Masaki, 17 tuổi, lớn lên khi nghe những câu chuyện về việc tổ tiên của ông đã sử dụng một thanh kiếm để phong ấn một con quỷ trong hang động cách đây bảy trăm năm. Khi sự tò mò trở nên tốt hơn, Tenchi đi vào hang động và tình cờ gặp thanh kiếm từ huyền thoại.