Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Bối cảnh của phim diễn ra trong tương lai, khi loài người sống rải rác qua các vì sao. Đế quốc Valdana phải chịu dưới quyền kiểm soát của gia tộc Tytania – một thế lực giàu có và đầy uy danh. Tytania ngụy tạo nên tầm ảnh hưởng của mình bằng bạo lực và sức mạnh về kinh tế, tồn tại như biểu trưng của nỗi đe sợ đối với toàn đế chế.
The anime shows the wars events through the perspective of Biwa, a young girl who makes a living as a traveling musician. Though blind, Biwa is gifted with the ability to see the future. She meets Taira no Shigemori, one of the patriarchs of the powerful Taira family, and tells him about prophecy that may change the future of his clan.
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
Câu chuyện diễn ra tại một thế giới có những loài vật tên "Spiral" được sinh ra từ sự cô độc. Những người có khả năng đánh bại chúng được gọi là các "Period". Haru là một Period học việc trong Sư Đoàn 8 Arc End. Tuy nhiên, sau một vụ cướp bí ẩn, nền kinh tế bỗng sụp đổ, và trụ sở Arc End giải tán Sư Đoàn 8, để lại mỗi 3 Period, trong đó có Haru.