Câu chuyện của game xoay quanh một chàng trai tên Aoba sóng cùng với bà của cậu trên hòn đảo Midorijima. Cậu ta làm việc tại một cửa hàng phế liệu tại khu phố trước đây từng là khu dân cư, sau khi Toue xây dựng khu nghỉ mát Platinum Jail trên danh nghĩa Midorijima và đẩy cư dân ra khỏi hòn đảo.
Lấy bối cảnh của một xã hội đang chìm trong hỗn loạn khi mà Nhân loại buộc phải chung sống với mọi loài quái vật, yêu ma, quỷ quái trên khắp thế gian. Những tên quái vật hắc ám ấy được loài người gọi chung bằng một cái tên là "Ám Trú Nhân / Cư dân bóng đêm" hoặc đơn giản hơn là Darkstalker. Dưới sự bành trướng của các Darkstalker, Nhân loại đã phải sống trong cảnh cơ cực khi mất đi ánh mặt trời.
Một nữ sinh tự sát và sau đó Lain nhận được mail từ cô gái đó bảo rằng cô ta vẫn chưa chết, chỉ là đang sống ở một thế giới gọi là Wired, nơi có Chúa ở đó. Một bộ phim ko dành cho những ai muốn thư giãn đầu óc với anime
Đã 100 năm kể từ khi vua Kyle chôn cất Ang Mundo. Báy giờ trong thời kỳ hòa bình, chàng hiệp sĩ tập sự Kasel hưởng thụ cuộc sống bản thân mà chả lo nghĩ gì. Tuy nhiên, số phận của anh ta bắt đầu thay đổi, với tin đồn về sự xuất hiện của quỷ xâm nhập khu phố.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ