Vào năm 2010 A.D, nhiều siêu bão đồng thời xuất hiện trên toàn thế giới. Chúng gây ra những thiệt hại nghiêm trọng. 5 tỷ người mất, dân số giảm còn 3 tỷ. Nền kinh tế và quân sự đã bị suy sụp. Bắc Mỹ, Nga và Bắc Âu đã bị đóng băng, đồng bằng thì chìm dưới biển. Vị trí địa lý bị thay đổi đáng kể. Văn minh nhân loại bước vào thời kì khủng hoảng
This series is set about two months after the events ocurred in the Tuatha de Danaan at the end of the original series. Mithril becomes aware of a secret organization that has technology able to counter the ECS (Electronic Cloaking System) mode
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Sakura Akari là một cô bé học lớp 6. Cô bé không tin vào bản thân mình nên đã không đủ can đảm để nói những lời từ tận đáy lòng mình.Ruby là một con thỏ từ Jewelland tới thế giới nơi Akari sống để tìm kiếm cộng sự của mình. Và tại đây Ruby đã gặp Akari và cùng nhau họ đã trở thành học viên của học viện phép thuật ở thế giới Jewelpets-Jewelland. Tại đây họ đã gặp Miria, Sara và Leon và những người khác. Tấm lòng của Akari đã lan tỏa đến Miria và Sara đã làm họ trở thành bạn bè của nhau. Ước mơ
Hanako-kun ma quái và trợ lý phàm trần của anh ta, Nene Yashiro, thường nhúng tay vào giải quyết các sự cố siêu nhiên khác nhau ở Học viện Kamome, nhưng họ dành thời gian như thế nào khi được nghỉ ngơi sau tất cả những điều đó?