Vào cái ngày tốt nghiệp trung học, em họ của Itsuki, Mahiru, nói với anh rằng cô đang mang thai. Ngay sau đó, một cánh cửa ánh sáng xuất hiện và mang cả hai vào thế giới của Granvania. Tại vùng đất này, "tạp chất" đã gây ra một sự xáo trộn cho các ngôi sao, cuối cùng lao xuống Granvania tạo nên 1 mớ hỗn độn.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Câu chuyện này nói về hàng ngàn năm sau trong tương lai. Những người dân của Trái đất đã quên cuộc chiến tranh không gian của quá khứ, quay trở lại với một sự tồn tại công nghiệp
Final Fantasy X mở đầu bằng một đoạn in medias res, khi cả nhóm ngồi lặng lẽ xung quanh lửa trại. Đứng phía trên một thành phố cổ tàn tích, bao bọc bởi rất nhiều pyrefly. Tidus, nhân vật chính trong game, bắt đầu kể lại câu chuyện cũng như cuộc hành trình đến nơi đây của mình.