Một trò chơi thẻ bài mới kết nối các vũ trụ song song và những thẻ bài đặc biệt đóng vai trò như các cánh cổng đưa quái thú tới Trái Đất để chúng trờ thành chiến hữu với con người. Cùng chiến hữu là quái thú rồng Drum Bumker, cậu bé Gao Mikado vượt qua rất nhiều thử thách chiến đấu và đối đầu với các thế lực xấu xa
Vào năm 2010 A.D, nhiều siêu bão đồng thời xuất hiện trên toàn thế giới. Chúng gây ra những thiệt hại nghiêm trọng. 5 tỷ người mất, dân số giảm còn 3 tỷ. Nền kinh tế và quân sự đã bị suy sụp. Bắc Mỹ, Nga và Bắc Âu đã bị đóng băng, đồng bằng thì chìm dưới biển. Vị trí địa lý bị thay đổi đáng kể. Văn minh nhân loại bước vào thời kì khủng hoảng
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
câu chuyện lấy bối cảnh ở một thị trấn ven biển của Moriah,khi mà bọn tội phạm đang lộng hành,chúng lợi dụng một nơi thờ tự một vật cổ đại để làm nơi ẩn nấu,hoạt động phạm tội ngày một dày đặc và gây hoang mang trong lòng những người dân nơi đây.
Câu chuyện đặt bối cảnh tại Onomichi, Hiroshima năm 20XX, khi mà cá voi là loài cá duy nhất còn sống trên biển. Vì thế, bộ Thủy sản quyết đinh xây những bể cá khổng lồ trong không gian. Liên minh thủy sản vũ trụ Onomichi được thành lập để đào tạo ngư dân không gian.