Câu chuyện chính bám theo sự trưởng thành và tiến bộ của Naruto và bạn cậu khi làm ninja, và nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ và sự ảnh hưởng của quá khứ đến tính cách họ. Naruto tìm được hai người bạn đồng hành cùng là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, cuộc phiêu lưu bắt đầu.
This series is set about two months after the events ocurred in the Tuatha de Danaan at the end of the original series. Mithril becomes aware of a secret organization that has technology able to counter the ECS (Electronic Cloaking System) mode
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
Khi tôi đến, tôi nhận ra mình đang đứng giữa một nơi rộng lớn, 1 đồng bằng tuyết Tôi không biết và làm thế nào tôi đã có. Và thêm vào đó, tôi không thể nhớ bất cứ điều gì, ngay cả tên của tôi. Tôi đứng đó, chết lặng. Nhưng sau đó, một con quái vật khổng lồ đột nhiên xuất hiện, một sinh vật côn trùng bắt đầu phóng vào tôi
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.