Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Nữ sinh cấp ba Yuri thấy mình ở trên đỉnh một tòa nhà chọc trời nơi thế giới xa lạ. Tại đó, cô phải chống lại những kẻ tấn công đeo mặt nạ đang quyết giết chết con mồi.
Cha mẹ cô bé Chizuko Mikamo chết sớm, để lại cho cô gia sản kếch xù. Vì thế, bà cô độc ác hằng ngày đầu độc cô bé, với hi vọng cô sẽ từ từ lâm bệnh mà chết, để bà ta một tay hốt hết tất cả. Thế nhưng, một ngày nọ, siêu trộm lừng danh, biệt hiệu Kaijin Nijuu Mensou (Quái nhân 20 bộ mặt) đến viếng dinh thự nhà Mikamo, tuyên bố sẽ lấy cắp thứ đáng giá nhất trong nhà này, và đó chính là Chizuko. Từ đó, cô bé bước chân vào một chuỗi những cuộc phiêu lưu thú vị mà trước đó, cô chỉ dám mơ ước tới mà
Vào thời Edo, Rin, con gái của một đường chủ võ đường đã bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho cha mẹ mình. Trên chặng đường, Rin đã tìm đến một người được mệnh danh là Bách Nhân Trảm (Giết trăm người) có tên là Manji để cầu xin sự giúp đỡ của anh. Và từ đó cuộc hành trình báo thù của Rin và Manji, người đàn ông bước đi trong dòng đời bất tận bắt đầu từ đây
Nữ thần Rista được giao cho nhiệm vụ cứu rỗi thế giới với độ khó lên đến cấp S. Cô đã triệu hồi một người anh hùng đến trên thế giới ấy để giúp cô đánh bại quỷ vương. Vị anh hùng cô triệu hồi chính là Seiya – một người có sức mạnh phi thường đến phi lý.