Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Tiếp nối phần 1, đây là bộ anime làm theo đã ra game và tác giả cũng chính là người sáng tác truyện Bảy viên ngọc rồng ( Dragon Ball)
Sau khi Vương quốc Vàng bị một pháp sư điên loạn đánh chìm dưới lòng đất, vua của nó xuất hiện, hứa trao toàn bộ kho báu của mình cho bất kỳ ai đánh bại tên pháp sư đó, trước khi tan thành tro bụi. Các bang hội được thúc đẩy bởi lời hứa này, vượt qua ngục tối mê cung để tìm kiếm pháp sư.
được đặt trong một thế giới nơi các cánh cổng đột nhiên xuất hiện trên bầu trời, mở ra vô số ngục tối. Câu chuyện tưởng tượng nếu người chơi là một chủ tịch công ty sử dụng các nhà thám hiểm để đảm nhận các hầm ngục chứa đầy quái vật cho những kho báu nằm bên trong.
Nhân vật chính của chúng ta chính là James Moriarty, một nhân vật phản diện trong tiểu thuyết Sherlock Holmes của tác giả Arthur Conan Doyle. Trong phim này, cậu là một đứa trẻ mồ hôi, cậu đã có được cái tên William James Moriarty khi được nhận nuôi bởi gia đình Moriarty. Khi còn trẻ, cậu đã tìm cách loại bỏ những căn bệnh cho hệ thống giai cấp của nước Anh gây ra.