Phim nói về các nhà khảo cổ phát hiện ra những manh mối về nguồn gốc của loài người. Những manh mối này dẫn họ tìm tới những góc tối tăm nhất, tận cùng của vũ trụ. Tại đó, họ phải đối mặt với một cuộc chiến đầy khiếp sợ để cứu tương lai của nhân loại.
Quân kháng chiến chuẩn bị chiến đấu với các thế lực tàn nhẫn ở Thế Giới Mẹ khi các mối liên kết không thể phá vỡ được thiết lập, anh hùng xuất hiện và huyền thoại được tạo nên.
Khi Clipper Roebling được khởi động, lịch sử thế giới như được sang trang khi đây là chuyến bay vũ trụ thương mại đầu tiên. Nhưng cùng lúc đó, một cơn bão mặt trời bắt đầu hình thành, mở đầu cho một cơn thịnh nộ của chúa trời, nguy cơ phá hủy tất cả, đưa trái đất trở lại thời kì đồ đá
Trong một tương lai xa, một nhóm tù nhân thấy mình bị kết án lưu đày trên một hành tinh XT-59... Dưới chân họ, một mối đe dọa lớn hơn ... Để có được một nơi trú ẩn bình yên thì họ phải vượt qua rất nhiều trở ngại, nhưng kết quả đạt được là tự do và hạnh phúc.
60 năm sau những sự kiện ở phần trước. Máy móc vẫn đang nắm quyền cai trị xã hội, kiểm soát tâm trí con người bằng cách nhốt họ vào thế giới ảo được vi tính lập trình. Các thành viên tự do đột nhập vào Ma Trận, giải phóng tù nhân bằng cách giúp họ phân biệt hai thế giới thật – giả. Trong số đó, Neo (Keanu Reeves)