Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Câu chuyện lấy bối cảnh năm Chân Lịch 71, khi 70% loài người sống ngoài không gian do sự phát triển của các thành phố trên vũ trụ.
Từ xa xưa, cái ác bao trùm thế giới, mọi người sống trong sợ hãi, thế giới này được một kẻ có tên là Satan Rchimedes cai trị. Hắn xâm lược Nhân Giới bằng đội quân ma quỷ dưới trướng của mình, gây hỗn loạn ở khắp mọi nơi. Vào khoảng 1000 năm trước, mối đại họa này đã bị Dũng sĩ Creation chặn đứng. Và hòa bình đã trở lại với thế giới.
Set in Hinomoto, a fictional version of Japan, where for a long time railway travel served as the most important form of transport. Each locomotive was paired with a humanoid control module, so-called Raillord, that aided the train operator.
Một ngày nọ, Yamano Mitsuha rơi xuống vách đá và bị dịch chuyển đến một thế giới khác với trình độ văn minh ngang tầm của châu âu thời trung cổ. Tuy nhiên, Mitsuha biết rằng mình có thể du hành giữa hai thế giới thông qua trận chiến chết người với bầy sói và cô quyết định sống bằng cách đó