Biscotti và Galette - 2 đất nước đã từng là láng giềng thân thiết, nhưng bây giờ lại đang giao tranh với nhau mà không rõ mục tiêu. Trước liên tiếp những trận thua tan tác, tiền mất tình tan, người đại diện cho băng Biscotti - Công chúa Millhiore Filianno Biscotti đã đích thân đứng lên triệu hồi dũng sĩ mang tên Shinku hòng cứu lấy đất nước xinh đẹp của mình.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Câu chuyện xoay quanh Maria, nữ pháp sư quyền lực nhất tại thời điểm đang xảy ra “Cuộc chiến xuyên thế kỉ” giữa Anh và Pháp. Coi thường chiến tranh, nên cô đã quyết định dùng ma thuật tối thượng của mình để… phá đám. Sự can thiệp của Maria cùng với 2 tùy tùng của cô (Succubus Artemis và Incubus Priapos) làm cho Thiên Đàng để ý.
Vào ngày 1 tháng 5 năm 1945 tại Berlin, khi Hồng quân nâng lá cờ Xô viết trên Reichskanzlei, một nhóm các sĩ quan Đức Quốc xã tiến hành nghi thức. Đối với họ, việc giết mổ trong thành phố không chỉ là một nghi lễ hoàn hảo, một nhóm siêu nhân có thể sẽ mang lại sự hủy diệt của thế giới. Nhiều năm sau, không ai biết được nhóm sĩ quan này đã thành công hay liệu họ đã sống hay đã chết.
2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.